蛋白質是由20種L-胺基酸以鏈狀大量連接而成的高分子化合物，是生物體的重要構成成分，與碳水化合物、脂質並列為三大營養素之一。
糙米中含有約7～10％的蛋白質，其中大部分集中在糙米的外層（表層部位）。在清酒的釀造過程中，蛋白質會被麴菌的酵素分解，不僅作為酵母的營養來源，還會轉化為清酒中的胺基酸、胜肽，甚至是香氣成分，對清酒的香味、色澤與熟成等特性產生重大影響。
然而，過多的蛋白質會導致清酒產生雜味或顏色過深，因此需在原料處理階段（精米）中加以去除。
例如 ：精米步合為70%（即為去除糙米 30% 重量百分比的情況）時，蛋白質的含量可減少至約70%。
